Градът носи името на българския революционер и воевода Яне Сандански - деец на Вътрешната македоно-одринска революционна организация в Серския революционен окръг.

Съчетаването благоприятни природни дадености заедно с богатството от минерални извори с различна термалност (в района на община Сандански има над 80 извора с температура 42-81°С), ниска минерализация, богат химически състав, лекуващи множество заболявания и даващи възможност за къпане на открито през цялата година, правят мястото удобно за заселване на човека по тези места още в дълбока древност, превръщайки селището в един от най-старите поселищни центрове на Балканите още от времето на Троянската война.

Селището около минералните извори е възникнало през II хилядолетие преди нашата ера. До VI век градът е един от първите християнски епископски центрове в България. В края на VI век е бил разрушен от варварски племена. От тези времена той носи името Свети Врач в памет на двамата братя Козма и Дамян - народни лечители. Това име градът носи до 1947 година, когато е преименуван на Сандански.

Древният град лежи изцяло върху терена на съвременния град Сандански, като намерените археологически обекти са от различни исторически периоди. Разцвет градът е получил в периода ІV-VІ век, от времето на който са открити множество обществени сгради и раннохристиянски базилики, включително раннохристиянски епископски комплекс. Интерес представляват откритите мозаечни декоративни килими, част от които са експонирани “ин сито” в Археологическия музей на град Сандански.